Przestąpiwszy próg znajdujemy się w białym czworobocznym pomieszczeniu, bez żadnego specjalnego stylu. Całą uwagę skupia na sobie ołtarz sięgający do sklepienia, pochodzący z 1717 r. (odrestaurowany w 1985 r.) W ołtarzu trzy malowidła, pociemniałe, lecz wyraźne. W podłużnym, wąskim formacie na dole Ostatnia Wieczerza. Główny obraz ołtarzowy przedstawia Ukrzyżowanie, nad nim Zmartwychwstanie. Nie są to wybitne dzieła sztuki, są jednak starannie wykonane. W dwóch niszach stoją dwie drewniane figury. Pierwsza z kielichem komunijnym, druga trzymająca Biblię. Przedstawiają Słowo i Sakrament, są to apostołowie Piotr i Jan. Po obu stronach głównego obrazu znajdowały się dwa anioły dmące w puzony, z których pozostał tylko jeden, umieszczony obecnie nad organami. W dawnym miejscu 2 skradzionych rzeźb aniołów stoją 2 rzeźby niewiast. U góry znajduje się odtworzona rzeźba pelikana z pisklętami – symbol ofiarnej miłości Bożej (kiedyś był tam orzeł z trzema młodymi, może nawiązanie do 2 Mż 19, 4 „…nosiłem was na skrzydłach orlich…”). Nad inskrypcją z miejscem pochodzenia ołtarza łaciński napis: „His Pater ex coelo coelestia gaudia donet consilio ac opibus qui sacra nostra iuvant sic precatur C. Froelich D.” co znaczy: „Moege der himmlische Vater himmlische Freuden denen geben, die mit Rat und Tat unser Heiligtum unterstuezen, tak modlił się Christoph Froelich Diakon”. W latach 1678 – 1695 C. Froelich był duchownym polskiej kaplicy. Jego epitafium zachowało się do dziś. Z tego też okresu musi pochodzić ołtarz. Możemy domyślać się, że w 1691 r. kościół został przebudowany.
Ambona wykonana jest w tym samym stylu, pochodzi z 1730 r., odrestaurowana w 1997 r. Zdobi ją 11 obrazów na drewnie (przedstawiających powstanie Biblii i jej znaczenie dla człowieka). Pierwotnie ambonę wspierała figura Mojżesza z dziesięciorgiem Przykazań. Malowidła na drzwiach ambony przedstawiają czterech ewangelistów. Na zewnętrznej stronie, na górnej połowie znajdujemy postać Mateusza siedzącego przy stole nad księgą, za nim anioł z uniesionym palcem dyktuje mu Boże Słowo. Dolna połowa drzwi ambony ukazuje postać Marka w pozycji siedzącej, piszącego, u jego nóg lew symbol ewangelisty. Wewnętrzna strona drzwi u góry przedstawia Łukasza mężczyznę z czarną brodą, za pulpitem zamyślonego i piszącego. W dolnej części drzwi ambony widzimy Jana młodzieńca o jasnych włosach. Na tronie w chmurach zasiada Bóg Ojciec trzymający na swych kolanach Syna. Jan spogląda w górę i pisze. Główna część ambony pokryta jest malowidłami wyobrażającymi symbole Ducha Bożego wg Iz 11, 2. Na osobie Sługi Bożego spocznie Duch Pana; Duch mądrości i rozumu, Duch rady i mocy, Duch poznania i bojaźni Pana. Duch Pana – w chmurach gołębica. Poniżej trójkąt równoboczny otoczony promieniami światła z wpisanym hebrajskim imieniem Boga. Duch mądrości – postać kobiety w koronie na głowie. W lewej ręce postać trzyma księgę z siedmioma pieczęciami (Obj 5, 1), w prawej dłoni dwa klucze (Obj 1,18). Duch Rozumu – żeńska postać ubrana w czerwoną szatę, ponad jej głową płomień ognia. W lewej ręce trzyma berło (4 Mż 24, 17), prawą wskazuje wzwyż na orła (Iz 46, 11). Duch Rady – pięknie przystrojona postać, w lewej ręce trzymająca lustro, w którym widnieje męskie odbicie (Jak 1, 23), w prawej ręce trzyma serce owinięte w wieniec. Duch mocy – wg Ef 6,11 – 17, postać ukazana w duchowej zbroi. Na hełmie widnieje napis JHS (Jesus Hominum Salvator), w lewej ręce tarcza, na której hebrajskim pismem zapisane jest imię Boże. Prawa ręka trzyma ognisty miecz. Duch Poznania – postać kobieca w jednej ręce trzymająca księgę ze słowami: „Badajcie Pisma”, w prawej trzyma płonącą pochodnię. Duch Bojaźni (Pańskiej) – kobieca postać, której lewa ręka trzyma tablicę z przykazaniami wraz ze słowami „bojaźń i miłość”, podczas gdy w prawej trzyma wiązkę piorunów. Zwieńczenie ambony ukoronowane jest figurą Zbawiciela. Napis jest częściowo niewidoczny, jednak niektóre zachowane fragmenty pozwalają stwierdzić, że chodzi o werset biblijny z Iz 58,1 („Wołaj na całe gardło, nie powściągaj się, podnieś jak trąba swój głos i wspominaj mojemu ludowi jego występki”).
Organy zostały przewiezione z byłego ewangelickiego kościoła w Bezławkach w 1979 r. Zostały zbudowane w 1830 r. i mają 11 głosów.
Dzwon, pochodzący również z Bezławek, wykonany został w 1843 r. przez braci Reschke.
Renowację wnętrza przeprowadzono w 1979 r., a nową elewację wraz z wymianą okien wykonano w 1985 r., w 2003 r raz jeszcze odnowiono i pomalowano elewację. W 2002 r. przebudowano zabytkowy balkon nad wejściem. W 2004 r. przeniesiono organy z presbiterium na balkon.
Od Stycznia 1985 r. kościół nosi nową nazwę – Kościół Ewangelicko-Augsburski św. Jana w Kętrzynie. Oby był świadectwem miłości, której apostołem był Jan.
Przez prawie cztery stulecia polski kościół służył wiernie parafii. Niedostrzegany i mało podziwiany. A jednak wart obejrzenia, wnosząc ciche piękno w ten świat.